基质支持着穴盘苗从种子萌发到移栽整个阶段的生长，是工厂化育苗问题产生的主要根源。由于穴孔体积小，基质的湿度、透气性、PH值、可溶性盐类及营养成分的含量很容易短期内发生很大变化，劣质基质会导致苗子的营养缺乏、中毒、烂根、徒长及降低种子萌发率等。
基质的质量，无论是买的还是自己配制的，在使用前一定要测试基质的PH值、可溶性盐含量和基质中可得到的营养，要了解基质的物理特性。
好的基质：一是应该具有保水性和良好的透气性，若基质气孔率低于2%，应会造成蓄水太多，限制了根和根毛的充分发育。二是PH值5.5-6.5之间。基质PH值决定根区营养元素的有效性。PH值大于6.5，会造成微量元素的缺乏和钙的过量；PH值小于5.5，则造成微量元素过剩，大量元素缺乏。三是基质初始的可溶性盐的含量和浓度。初始浓度应低于0.75mmhos/cm。若初始值正常，且N和P含量低，将有利于种子的萌发和控制苗的早期徒长；若没有初始值，需要向基质中加相当于50mg/kg的低铵态氮肥。若可溶性盐过高容易降低种子的萌发率和灼伤幼苗的根系。在高盐的情况下，根系的生长变缓，即使基质是湿润的，在白天强光下也会出现萎蔫现象。
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