家畜农家肥是很好用的农家肥，但是，我们在施用农家肥时，必须先充分发酵或腐熟，否则，直接施用到作物上，则有以下9种危害。
1.传染病虫害
根结线虫病
家畜农家肥中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播，作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响。
未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害的发生。
鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化。
显微镜下的根结线虫
线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是最致命的隐患之一。
2.二次发酵烧根烧苗
烧苗
发酵不充分的家畜农家肥施到地里后，当发酵条件具备时，便开始二次发酵，若发酵部位根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
3.酸化土壤
酸化土壤
家畜农家肥一般是强酸性肥料（PH值为3.6~4.7），使用时需要发酵调节PH酸碱度。因此在施用酸性家畜农家肥无异于“雪上加霜”，造成烂根、黑根、黄叶、树势早衰、养分吸收受阻等危害。
4.毒气危害
毒气危害
生粪用到地里在分解过程中会产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更重要的是产生的乙烯气体有抑制根系生长的作用，也是烧根的主要原因。
5.土壤缺氧
土壤缺氧
生粪中虽然含有一定的有机质，但是不发酵需要一定时间才能分解转化被利用，在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
6.肥效缓慢
肥效减慢
未发酵腐熟的家畜农家肥中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
7.重金属超标
重金属超标
目前集约化养殖使用各种饲料添加剂，添加剂中多含有铜、锌、铅等重金属元素，畜禽对微量元素的利用率通常较低，随粪尿排出体外，重金属含量随着鸡粪用量的增大而增加，重金属含量过高对蔬菜生长有明显的抑制作用。
8.利用不便、效率低
利用不便，效率低
未经处理的家畜农家肥，不易运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
9.氯化钠（食盐）超标
农家肥氯化钠(食盐)超标
据统计每立方米的家畜农家肥就含有5公斤的氯化钠（食盐），如果一亩地的氯化钠含量超过10公斤，作物将极难生长。
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